등록임대 아파트 양도세 중과 면제, 내년 말까지 매각 요건

정부가 2026년 9월 29일 국무회의를 통해 소득세법·법인세법·종합부동산세법·상속세 및 증여세법 시행령 등 부동산 세제 관련 4개 시행령 개정안을 심의·의결했다. 이번 개정안은 지난 8월 발표한 '2026년 세제개편안'의 후속 조치로, 시행령은 10월 1일 공포될 예정이다.

등록임대 아파트 양도세 혜택, 2027년 말까지 매각 조건

이번 개정의 핵심은 조정대상지역(투기 과열을 방지하기 위해 정부가 지정한 지역) 내 매입임대 아파트에 대한 양도소득세 중과 면제 요건이다. 기존에는 임대 의무기간 종료 후 일정 기간 내 매각 시 중과세율이 아닌 일반세율을 적용받을 수 있었으나, 개정안은 이 기한을 2027년 12월 31일로 명시했다. 즉 해당 요건을 충족하는 임대사업자는 내년 말까지 해당 아파트를 처분해야 양도세 중과 면제 혜택을 유지할 수 있다.

단, 지난 8월 3일까지 새 주택을 취득했거나 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 경우에는 종전의 3년 기한이 그대로 적용된다. 이는 이미 거래 과정에 진입한 사업자에 대한 경과 조치다.

거주주택 비과세 특례 5년 유지 및 일시적 2주택 기간 단축

임대사업자가 거주하던 주택을 양도할 때 적용되는 '1세대 1주택 비과세 특례'는 당초 폐지 논의가 있었으나 5년 특례 기간이 그대로 유지된다. 이 특례는 임대료를 5% 이내로 제한하고 2년 이상 임대한 경우, 집주인이 실제로 해당 주택에 2년간 거주하지 않아도 비과세 혜택을 적용받는 제도다.

반면 조정대상지역 내 일시적 2주택자(기존 주택을 보유한 상태에서 새 주택을 취득한 경우 일시적으로 2주택자가 되는 상황)에 대한 양도소득세 및 종합부동산세 특례 적용 기간은 현행 3년에서 2년으로 단축된다.

비수도권 미분양 세제 지원 1년 연장

비수도권 지역의 준공 후 미분양 주택에 대해서는 종합부동산세 및 양도소득세 산정 시 주택 수에서 제외하는 세제 지원 기한이 2027년 12월 31일까지 1년 연장된다. 이 밖에 한미전략투자공사에 설치된 한미전략투자기금에 대해서는 증여세 관련 조항도 개정안에 포함됐다.

이번 4개 시행령 개정안은 10월 1일 공포를 거쳐 즉시 시행될 예정이다. 정부는 이번 개정이 8월 발표된 세제개편안의 후속 입법 절차임을 명시했으며, 추가 세부 지침에 대해서는 별도로 안내할 예정이라고 밝혔다.